菊粉和低聚果糖本質上是不同的物質，一般來說：

菊花粉是由2-60個單糖分子聚合而成，從天然植物菊花芋頭中提取。低聚果糖只是由2-9個單糖分子聚合而成，在自然界中很常見，但含量很低，通過蔗糖加入小生命酶生產的低聚果糖與天然存在相同。

如果將60個單糖聚合而成的菊粉切成一小段，由2-9個單糖分子聚合而成，菊粉可以變成低聚果糖，但目前在世界上廣泛使用 內切菊粉酶生產，一般切為3-7個單糖分子聚合，更重要的是，這種由菊粉切的低聚果糖由3-7個單糖分子聚合，在自然界中沒有發現天然存在，僅見于人造。由于菊粉和低聚果糖本質上是不同的物質，生產原料和方法完全不同，在各自的工業領域，如：菊粉有油的味道，可以替代食物中的脂肪，低聚果糖不能替代脂肪；低聚果糖有甜味，可以替代食物中的糖，菊花粉不能替代糖。此外，菊粉是人體所需的七種營養素中的膳食纖維，低聚果糖是碳水化合物。此外，在人體所需的七種營養素中，菊花粉屬于膳食纖維，低聚果糖屬于碳水化合物。因此，科學地說，菊花粉和低聚果糖有自己的優點，幾乎沒有可比性，只有相關性。