間接生理功效
(1)促進食物消化、吸收，維持腸道正常功能。
(2)恢復抗菌素治療、放射線治療、化學治療期間腸道正常菌落。
(3)改善腹瀉與便泌，抑制病原菌和腐敗菌。服用低聚異麥芽糖能降低病原菌量，故對腹瀉有預防和治療效果。由于低聚異麥芽糖能導致雙歧桿菌增殖，雙歧桿菌通過糖代謝相應增加丙酸、丁酸等酸分泌量，這些有機酸促進腸道蠕動，使腸道運動亢進，同時通過滲透壓增加糞便水分，從而使排便性狀得到改善。長期食用低聚異麥芽糖，能防止和治療便秘；但對嚴重便秘患者，低聚糖治療效果不明顯。
(4)提高機體免疫力，起到免疫調節劑作用。
(5)減少腸道致癌物質，改善血清脂質，降低膽固醇含量。大量實驗證明，雙歧桿菌對小動物具有抗癌作用，這種抗癌作用源于通過Bifidobactefia細胞、細胞壁物質和細胞間物質使機體自身免疫能力得到明顯改善，因而起到抗癌作用。通過服用功能性低聚糖可使血清膽固醇量明顯下降。如日攝人15～30g低聚糖2周至3個月可減少血清膽固醇20～50ml。研究表明，乳酸菌包括雙歧桿菌能減少血清膽固醇總量，抑制血清膽固醇量升高，增加HDL在整個膽固醇比重(對女性明顯，男性不明顯)。有學者認為，乳酸菌存在與血漿膽固醇減少有直接關系。過多攝入動物脂肪會導致腸內膽汁酸分泌量增加，膽汁酸增加促進食物中膽固醇吸收，相應血中膽固醇亦增加。雙歧桿菌、嗜酸桿菌等有益菌可使膽固醇轉化為對人體不吸收類固醇。
(6)營養素吸收促進作用和產生營養素。雙歧桿菌能產生維生素B1、維生素B2、維生素B6、維生素B12、煙酸、葉酸，含雙歧桿菌發酵乳制品能改善乳糖不耐癥、及對鈣吸收。雙歧桿菌對礦物質元素有促進吸收作用，女性育齡期后雌激素水平下降，使體內鈣平衡受到干擾，導致骨質疏松；而雌激素水平下降又與腸內菌群失調有關。鈣吸收量和盲腸中L-乳酸量密切相關，研究者認為，這種促進吸收作用是難消化低聚糖轉化為L-乳酸，L-乳酸吸附鈣化合物使其溶解性增加，因而導致鈣吸收能力增強。